В течение двух месяцев (август — сентябрь) 539 г. Вавилония была захвачена персами. Народам, которые были насильственно поселены в Месопотамии вавилонскими царями, Кир разрешил вернуться в свои страны.
Захватив Месопотамию, Кир формально сохранил Вавилонское царство и ничего не изменил в социальной структуре страны. Более того, власть Кира в Вавилонии не рассматривалась как чужеземное господство, а сам Кир принял титул «царь Вавилона, царь стран». Однако фактически Вавилония из самостоятельного царства превратилась в сатрапию Ахеменидской державы и лишилась всякой независимости во внешней политике, да и внутри страны высшая военная и административная власть теперь принадлежала персидскому наместнику.
После захвата Вавилонии все западные страны до границ Египта (Сирия, Палестина и Финикия) подчинились персам. Захват Египта был осуществлен сыном Кира Камбизом (530-522 гг. до н.э.). Однако пока Камбиз находился в Египте в самой Персии вспыхнуло восстание, т.н. переворот Гауматы (522 г. до н.э.). Гаумата продолжал политику своего предшественника Камбиза, но проводил ее более решительно: боролся против родовой знати, за централизацию государства и усиление царской власти. Гаумата опирался на свободных общинников Персиды и Мидии. В отличие от Камбиза, он понимал, что для сохранения Персидской державы необходимо смягчение гнета в завоеванных областях. Этим объясняется отмена им податей и военной службы сроком на три года. За семь месяцев правления Гауматы не засвидетельствованы восстания против него, в то время как в последний год правления Камбиза их было много. Когда в сентябре 522 г. до н. э. Дарию удалось устранить Гаумату и захватить власть, против него почти повсеместно вспыхнули восстания, на подавление которых ушло более года. В Мидии восстание длилось более семи месяцев и было одним из самых крупных народных движений того времени.

Переворот Дария был поддержан родовой знатью, привилегии которой были восстановлены. В то же время Дарий, стремясь укрепить свои позиции, пытался несколько ограничить засилье знати. Персы были освобождены от налогов и трудовых повинностей. После подавления восстаний Дарий приступил к осуществлению реформ, укреплявших государство: разделил всю державу на административно-податные округа, ограничил функции сатрапов, поручив им лишь сбор податей и судопроизводство в сатрапиях, а военную власть передал в руки лиц, которые подчинялись непосредственно царю.
По военной реформе Дария воины наделялись участками земли в завоеванных странах. В состав военных колонистов входили представители различных племен и народов, при обязательном соблюдении одного принципа: в их числе не должно быть жителей данной страны. Они обязаны были нести военную службу, а в свободное от походов время возделывать землю. Военные колонисты (за исключением персов) платили подати в царскую казну.
Большое значение имела денежная реформа Дария. Наряду с чеканкой золотой монеты — дарика, что было прерогативой царской власти, серебряные и медные деньги имели право чеканить сатрапы, автономные города Финикии, Малой Азии и зависимые цари. Однако в Ахеменидской державе, за исключением греческих городов Малой Азии и Финикии, монеты не имели хождения, а в качестве денег использовались слитки серебра, которые взвешивались каждый раз при торговых сделках. Монеты также принимали по (весу, не считаясь с авторитетом государственной пробы. Золото же вообще пенилось само по себе, как, товар, и не играло роли денег. Даже царские сановники получали жалованье продуктами и изредка деньгами в виде слитков серебра.
При Кире и Каибизе с сатрапий взимались «дары», размер которых не был строго фиксирован, что, естественно, приводило к злоупотреблениям. Дарий упорядочил систему налогообложения, учитывая экономические возможности входивших в его державу областей. Подати уплачивались деньгами, что отрицательно сказывалось на развитии товарно-денежных отношений во всей Персидской державе: поступая в царские сокровищницы, деньги в значительной части оседали таи, и лишь ничтожная доля их пускалась в обращение. В Вавилоне и Египте ощущался недостаток в серебре, поэтому нередко прибегали к прямому товарообмену.
Взимание «даров» сохранилось по отношению к народам отдаленных окраин, над которыми трудно было установить контроль (арабы, колхи, скифы поставляли лошадей, благовония и пр.). Сохранив в ряде финикийских и малоазийских городов наследственных царей и тиранов, персидская администрация не вмешивалась в их внутренние дела, но неукоснительно взимала с них подати. Аналогичную политику проводили персидские цари и в отношении храмов. Они не вмешивались в дела культа, но храмы должны были платить подати и посылать своих рабов для работы в царском хозяйстве. Лишь некоторые храиы, находившиеся в привилегированной положении, были освобождены от податей и повинностей (например, храм Аполлона в Магнезии, Иерусалимский храм, храм Амона в Мемфисе).
При преемниках Дария I происходит постепенное ослабление Персидской державы.