Разделение Египта привело к распаду единого царского хозяйства, фундамента государственной централизации. Царские поместья в номах оказываются в руках местной знати и жречества. Условные держания чиновников становятся их собственностью. Египет превращается в арену соперничества региональных группировок аристократии. Повсеместно, особенно на юге, возрастает могущество храмов. Больше не существует силы, способной консолидировать ресурсы общества для проведения активной внешней политики. Египет перестает быть великой державой Восточного Средиземноморья и утрачивает последние остатки своих чужеземных владений; ослабевает контроль даже над сильно египтизированной Нубией. Продолжается массовое проникновение ливийцев в Нижний Египет: они селятся там целыми племенами, образуют костяк египетской армии, их вожди все чаще занимают посты номархов и вступают в родственные отношения с местной светской и духовной знатью.
Ливийский Египет (945–712 до н.э.): XXII–XXIV династии. Ливизация Нижнего Египта закономерно завершается восшествием в 945 до н.э. на престол представителя ливийской аристократии Шешонка I, родоначальника XXII (Ливийской) династии (945–722 до н.э.). Он легитимизирует свою власть, женив одного сына на дочери последнего фараона XXI династии, и подчиняет себе Верхний Египет, делая другого сына верховным жрецом Амона в Фивах. Столица переносится в Бубаст в юго-восточной части Дельты. Шешонк I возвращается к агрессивному внешнеполитическому курсу фараонов Нового царства: ок. 930 до н.э. он вмешивается в борьбу Иудейского и Израильского царств на стороне последнего, вторгается в Палестину и захватывает Иерусалим. Ему также удается восстановить контроль над Нубией. Значительные ресурсы, оказавшиеся в распоряжении царской власти, позволяют Шешонку I и его ближайшим преемникам развернуть дворцовое и храмовое строительство. XXII династия опирает в первую очередь на ливийское войско; кроме того, ее представители стремятся приобрести поддержку жречества, прежде всего на севере, щедро даруя храмам земли, движимое и недвижимое имущество, рабов, различные привилегии и совершая богатые жертвоприношения.
В IX в. до н.э. началось ослабление власти ливийских фараонов. Ливийская знать настолько укрепила свои позиции, что больше не нуждалась в покровительстве со стороны центра. Нижний Египет фактически распался на множество небольших полусамостоятельных владений во главе с ливийскими номархами и военачальниками; этому способствовало соперничество внутри правящей династии, представители которой создали наиболее сильные княжества (Гераклеопольское, Мемфисское, Танисское). Власть над Верхним Египтом оставалась сугубо формальной. Сужение материальных возможностей фараонов XXII династии обусловило их неспособность помешать ассирийской агрессии в Сирии и оказать действенную помощь своему главному союзнику – Дамасскому царству; в 840 до н.э. оно было разгромлено. В 808 до н.э. правитель Таниса отказался признавать верховенство XXII династии и принял титул фараона, основав XXIII династию (808–730 до н.э.). В VIII в. до н.э. цари XXII династии реально контролировали лишь область Бубаста.
В середине VIII в. до н.э. Египет столкнулся с новым сильным противником – Напатским царством (Куш), возникшим на территории Нубии и распространившим свою власть от 6-го до 1-го нильского порога. Кушитское влияние в Верхнем Египте значительно возросло при царе Каште, который добился возведения своей дочери в сан верховной жрицы («супругой Амона») в Фивах. Его сын и преемник Пианхи при поддержке фиванского жречества подчинил южные области Египта. Кушитская опасность побудила ливийских князей Севера организовать коалицию во главе с Тефнахтом, правителем Саиса и Исиона в западной Дельте. Тефнахт установил контроль над западом Нижнего и севером Верхнего Египта и побудил отпасть от кушитов пограничное Гермопольское княжество в центральной части страны. Но в 730 до н.э. Пианхи разгромил силы ливийцев в сражениях у Фив и Гераклеополя, захватил Гермополь, одержал решающую победу под Мемфисом и взял этот город. Нижнеегипетским владетелям, в том числе бубастскому фараону Осоркону и самому Тефнахту, пришлось признать власть напатского царя.
Кушитское владычество в северных областях Египты было, однако, непрочным: после своей победы Пианхи вернулся в Напату, не оставив в нижнеегипетских городах кушитских гарнизонов. К 722 до н.э. Дельта вновь оказалась в руках Тефнахта, который принял титул фараона (722–718 до н.э.) и основал XXIV династию; его сын Бакенранф (Бокхорис) (718–712 до н.э.), подчинил центральные области страны. Тефнахт и Бакенранф опирались на простых воинов-ливийцев, а также средние и низшие слои египетского населения. Стремясь укрепить армию и расширить налоговую базу, они боролись с долговым рабством и препятствовали росту крупного землевладения (законы против роскоши, об ответственности должников за свой долг только их имуществом, об ограничении ссудного процента, о запрещении обращать в рабство коренных египтян). Эта политика оттолкнула от XXIV династии жречество и аристократию, которые предпочли поддержать кушитов. В 712 до н.э. напатский царь Шабака разгромил Бакенранфа и овладел Дельтой; Бакенранф попал в плен и был сожжен. Образовалось единое Кушитско-египетское царство.
Кушитский Египет и ассирийское завоевание (712–655 до н.э.): XXV династия. Шабака (712–697 до н.э.) стал основателем XXV (Эфиопской) династии (712–664 до н.э.). Он взял курс на тесный союз со жречеством. Свою резиденцию он перенес из Напаты в Мемфис, центр культа Птаха, а своих детей ввел в состав высшего фиванского жречества. Однако в конце 8 в. до н.э. усилилась угроза со стороны Ассирии, которая в 722 до н.э. уничтожила Израильское царство. В 701 до н.э. ассирийский царь Синаххериб вторгся в Иудею; Шабака попытался оказать помощь иудейскому царю Езекии, но египетское войско потерпело поражением при Алтаке; сыновья фараона попали в плен, а Езекия покорился завоевателям. При втором преемнике Шабаки Тахарке (689–664 до н.э.) Египет стал непосредственным объектом ассирийской агрессии. Тахарка побуждал палестинских и финикийских царьков отложиться от Ассирии. В ответ ассирийский царь Асархаддон в 674 до н.э., предварительно обеспечив лояльность аравийских племен, совершил поход в Египет, однако Тахарке удалось помешать ему проникнуть вглубь страны. В 671 до н.э. Асархаддон вновь вторгся в Египет, сломил сопротивление Тахарки, взял и разграбил Мемфис. Ассирийцы овладели страной вплоть до Фив и превратили ее в провинцию; они разместили в городах свои гарнизоны, наложили большую дань и ввели культ бога Ашшура; в то же время северные ливийские династы, признавшие власть Ассирии, сохранили свои владения. Асархаддон принял титул царя Египта и Куша.
Вскоре Тахарка, собрав на юге значительные силы, изгнал ассирийские отряды из Египта и освободил Мемфис; однако ливийские князья не оказали ему поддержки. Асархаддон двинул свои войска на Египет и на палестинской границе разгромил кушитскую армию. Преследуемый ассирийцами Тахарка бежал сначала в Фивы, а затем в Нубию. Египет был разделен на двадцать округов во главе с номархами из местной знати под контролем ассирийской военной и гражданской администрации.
Тяжелый ассирийский гнет вызвал недовольство самых разных слоев египетского общества. В 667 до н.э. группа северных князей под руководством Нехо, правителя Саиса и Мемфиса, составила разветвленный заговор против завоевателей. Нехо попытался установить контакты с Тахаркой, но его гонцы были перехвачены ассирийцами. На мятежные города обрушились жестокие репрессии, однако новый ассирийский царь Ашшурбанапал помиловал вождей заговора; он вернул Нехо его владения, а его сына Псамметиха назначил правителем Атриба в южной Дельте. Это позволило ассирийцам укрепить свои позиции в среде ливийской номовой знати.
После смерти Тахарки в 664 до н.э. его преемник Танутамон решил вновь отвоевать Египет. В 663 до н.э. при поддержке населения и особенно жречества он легко овладел Верхним Египтом, а затем взял Мемфис. Но ему не удалось подчинить северных князей, которые в подавляющем большинстве остались верны Ассирии. Ашшурбанипал быстрым маршем двинулся на Египет. Танутамон не смог организовать сопротивления и бежал в Нубию. Ассирийцы подвергли страшному разгрому Фивы, главного союзника кушитов. Спустя некоторое время Танутамон вернул контроль над южными районами Верхнего Египта и восстановил Фивы, которые, однако, навсегда утратили свое прежнее политическое, религиозное и культурное значение.

Саисский Египет (655–525 до н.э.): XXVI династия. В 664 до н.э. правителем Саиса, крупнейшего экономического центра Дельты, становится сын Нехо Псамметих. Располагая значительными материальными ресурсами, он сформировал сильную наемную армию из карийцев и малоазийских греков и в начале 650-х до н.э. объединил под своей властью Нижний Египет, а в 656–655 до н.э. подчинил Верхний Египет и сделал свою дочь верховной жрицей Амона в Фивах. Восстановив государственное единство, Псамметих I (664–610 до н.э.) изгнал из страны ассирийские гарнизоны и провозгласил себя фараоном, основав XXVI (Саисскую) династию (655–525 до н.э.). Его опорой стало северное жречество, которое помогло ему подавить сепаратизм ливийских династов. Покровительство фараона наемникам-чужеземцам, которым он предоставил земли для поселения, обострило его отношения с воинами ливийско-египетского происхождения. Он лишил их ряда привилегий, чем спровоцировал серию бунтов и даже уход части армии в Нубию.
Псамметих I проводил курс на возрождение древних обычаев и образа жизни. В то же время он поощрял торговлю с другими странами и оказывал поддержку иноземным купцам, в первую очередь грекам, которым он позволил основать в западной Дельте колонию Навкратис. В своей внешней политике фараон в 650–630-х до н.э. ориентировался на союз с Вавилонским царством и Лидией, стремясь предотвратить реставрацию ассирийского господства. Однако с 620-х до н.э. он начал поддерживать стремительно слабевшую Ассирию, с трудом сдерживавшей натиск вавилоно-мидийской коалиции. Правда он не сумел помочь ей во время нашествия на Переднюю Азию кочевников-скифов, от которых сам был вынужден откупиться. Большую заботу Псамметих I проявлял об укреплении границ Египта, особенно северо-восточных, где он построил ряд сильных крепостей.
Его сын и преемник Нехо II (610–595 до н.э.) попытался спасти гибнущую Ассирию. В 608 до н.э. он вторгся в Палестину, разбил у Мегиддо союзника вавилонян иудейского царя Иосию, возвел на иудейский престол своего ставленника Иоакима и обложил его царство данью, а затем совершил поход к Евфрату. Но в 605 до н.э. вавилонский царевич Навуходоносор разгромил египтян при Кархемише и вытеснил их из Сирии, Финикии и Палестины. Граница с Вавилонским царством прошла по линии Газа – Акабский залив. Ок. 600 до н.э. финикийские мореплаватели по поручению фараона совершили экспедицию вокруг Африки. При нем начались работы по строительству канала между Средиземным и Красным морями.
Нехо II наследовал его сын Псамметих II (595–589 до н.э.). Он организовал несколько грабительских набегов на Сирию, Палестину и Нубию и укрепил свое влияние в южных районах Египта, сделав свою дочь верховной жрицей Амона. Псамметиха II сменил на престоле его сын Априй (589–567 до н.э.), в правление которого углубилась напряженность во взаимоотношениях наемников и ливийско-египетских воинов (мятеж в Элефантине). Априй оказал поддержку иудейскому царю Седекии, восставшему против Вавилона. Он одержал морскую победу над тирянами и киприотами, союзниками вавилонян, совершил поход на Сидон, заставил вавилонскую армию снять осаду Иерусалима, но затем потерпел поражение и был вынужден уйти из Финикии и Палестины. В 570 до н.э. Априй начал войну с греческим государством Киреной (к западу от Египта), однако его армия не добилась успеха; воины-ливийцы подняли мятеж и провозгласили фараоном сановника Яхмоса (Амасиса), который был признан и в Верхнем, и Нижнем Египте; тем не менее Априй с помощью наемников продержался в Дельте до своей гибели в 567 до н.э.
Яхмос II (570–526 до н.э.) продолжал прогреческую политику своих предшественников: он был женат на гречанке из Кирены, щедро одаривал греческие храмы, предоставил привилегии Навкратису, приближал к себе греков-наемников и сформировал из них отряд телохранителей. При нем произошло значительное оживление ремесла и торговли. Фараон выделял крупные суммы на строительство. Он снизил поземельный налог и сборы в пользу храмов, установил контроль за их доходами, что поссорило с ним жречество. Недовольство проявляли также ливийско-египетская часть армии и аристократы-сторонники Априя, считавшие Яхмоса II узурпатором. Внутренние раздоры ослабляли Египет перед лицом внешней угрозы.
В 568–567 до н.э. Яхмос II отразил вторжение вавилонского царя Навуходоносора II. Воспользовавшись мирной передышкой, он создал сильный военно-морской флот, с помощью которого подчинил Кипр; он также совершил удачные походы в Аравию и Нубию. Однако в 550 до н.э. возникла новая опасность со стороны агрессивной державы Ахеменидов (Персия), что побудило фараона вступить в антиперсидскую коалицию с Лидией, греческими государствами Спартой и Самосом и своим старым врагом Вавилоном. Разгром персами Лидии в 546 до н.э. и Вавилона в 539 до н.э. значительно ухудшил внешнеполитическое положение Египта, оставшегося единственным противником Персии на Ближнем Востоке. 
После смерти Яхмоса II в 526 до н.э. престол занял его сын Псамметих III (526–525 до н.э.). Спустя несколько месяцев персидский царь Камбиз 529–522 до н.э.) вторгся в Египет и благодаря измене командира греческих наемников Фанеса и некоторых египетских военачальников одержал весной 525 до н.э. решительную победу над Псамметихом III при Пелусии. Армия отступила к Мемфису, но командующий египетским флотом Уджагорреснет без боя сдал персам Саис и позволил вражеской эскадре проникнуть вглубь Дельты, что привело к капитуляции египетских войск и падению Мемфиса; фараон вместе с семьей попал в плен. Вся страна вплоть до 1-го порога оказался под властью персов. Восстание, вспыхнувшее в Египте в 524 до н.э. после провала попыток Камбиза завоевать Кирену и Нубию, было жестоко подавлено: персидский царь казнил Псамметиха III и разрушил храмы, жрецы которых поддержали мятежников.
.Период первого персидского владычества (525–404 до н.э.): XXVII (Персидская) династия. В первые десятилетия персидского правления (при Камбисе и Дарии I) Египет занимал привилегированное положение в составе державы Ахеменидов. Власть персов над Египтом носила характер личной унии: в августе 525 до н.э. Камбис принял титул фараона; Ахемениды стали XXVII династией Египта. Персидские цари короновались египетской короной и пользовались традиционной египетской датировкой правлений. Персы позволили египтянам сохранить свою религию и свои обычаи. Хотя управление страной было сосредоточено в руках персидского сатрапа с резиденцией в Мемфисе, а в главных городах разместились персидские гарнизоны, ряд высших должностей остался за египтянами. Камбис возместил храмам ущерб, причиненный персами во время завоевания. Дарий I (522–486 до н.э.) осуществлял интенсивное храмовое строительство; при нем было завершено сооружение канала между Средиземным и Красным морями. Такая политика во многом диктовалась стратегической и экономической ценностью Египта для персов: он являлся одной из самых доходных сатрапий – сумма ежегодно получаемых от него податей составляла семьсот талантов серебра.
До середины 480-х до н.э. Египет оставался лояльным, если не считать сепаратистского выступления сатрапа Арианда в период династической междоусобицы в Персии в 522–521 до н.э. Однако повышение налогов в конце правления Дария I и угон египетских ремесленников в Персию на строительство царских дворцов в Сузах и Персеполе вызвали в октябре 486 до н.э. массовое восстание, которое новому персидскому царю Ксерксу (486–465 до н.э.) удалось подавить только в январе 484 до н.э. Ксеркс сурово расправился с мятежниками и радикально изменил политику по отношению к Египту: он не принял титула фараона, тем самым аннулировав личную унию, проводил широкие конфискации храмовой собственности, отказался от практики назначения египтян на административные должности. Это спровоцировало рост антиперсидских настроений.
В 461 до н.э. один из ливийских князей западной Дельты Инар поднял мятеж против персидского владычества; ему оказали военную помощь воевавшие с персами греки во главе с афинянами. Объединенная греко-египетская армия одержала в 459 до н.э. победу над персами при Папремисе, взяла Мемфис и овладела большей частью Нильской долины. Но в 455 до н.э. в Египет вторглось трехсоттысячное персидское войско под командованием Мегабиза, поддержанное сильным флотом (триста кораблей), и нанесло поражение силам союзников. Греческие и египетские отряды заняли оборону на о. Просопитида в Дельте, однако Мегабизу удалось в июне 454 до н.э. ворваться на остров и разгромить их; прибывшая на помощь оборонявшимся афинская эскадра была уничтожена в Мендесийском рукаве Нила. Остатки афинян бежали в Кирену. Инар был схвачен и предан мучительной казни.
Начавшийся во второй половине V в. до н.э. процесс ослабления державы Ахеменидов сопровождался усилением сепаратистского движения в Египте. В 405 до н.э. восстал Амиртей, владетель Саиса. Он одержал несколько побед над персами и установил контроль над Дельтой. Из-за вспыхнувшей в Персии междоусобной войны между царем Артарксерксом II и его братом Киром Младшим персы не смогли направить крупные силы для подавления восстания, и Амиртей к началу V в. до н.э. освободил весь Египет.
Период независимости Египта (405–342 до н.э.): XXVIII–XXX династии. Амиртей (405–398 до н.э.), хотя и основал XXVIII (Саисскую) династию, оказался единственным ее представителем. На смену ей пришла XXIX династия (398–380 до н.э.), происходившая из Мендеса в восточной Дельте. После насыщенного дворцовыми переворотами периода всевластия храмовой и светской знати (398–393 до н.э.), трон захватил Акорис (393–380 до н.э.), при котором произошло укрепление внутреннего и внешнего положения Египта. Акорис создал оборонительную линию на северо-восточной границе, вступил в антиперсидский союз с Киреной, Баркой, Писидией и Кипром и распространил свое влияние на Палестину и Финикию. В 385–382 до н.э. он успешно отразил персидское нашествие.
В 380 до н.э. престол узурпировал Нехтнебеф (Нектанеб) из Севеннита в восточной Дельте, основавший XXX династию (380–342 до н.э.). Нехтхенеб I (380–363 до н.э.) сумел в 373 до н.э. помешать новой попытке персов вернуть контроль над Египтом; ему помогли в этом героическая оборона Пелусия, бездарность персидского полководца и разлив Нила. Понимая ограниченность своих военных возможностей, он заключил союзный договор с самыми сильными греческими государствами – Афинами и Спартой. Во внутренней политике Нехтхенеб I всячески покровительствовал жречеству: он щедро одаривал храмы, предоставлял им налоговые льготы, привлекал жрецов к решению государственных дел и не жалел денег на храмовое строительство. Его сын и наследник Тах (363–361 до н.э.) отказался от прожреческого курса своего отца. Нуждаясь в средствах для проведения активной внешней политики, он вынудил храмы предоставить ему крупную ссуду, вызвав резкое недовольство религиозных кругов. Он также повысил старые и ввел новые чрезвычайные налоги и заставил все население сдать в казну все золото и серебро в зачет будущих податей. Это позволило ему собрать огромную армию (восемьдесят тысяч египтян и одиннадцать тысяч греческих наемников). Воспользовавшись мятежом малоазийских сатрапов против персидского царя Артаксеркса II, Тах вторгся в Финикию и Сирию, однако в Египте вспыхнуло восстание, успеху которого способствовала враждебность самых разных социальных слоев к политике фараона и поддержка спартанцев; новым царем был провозглашен его родственник Нехтгорхеб (Нектанеб II); Таху пришлось и бежать ко двору персидского царя.
Нехтгорхеб (361–342 до н.э.) полностью порвал с курсом своего предшественника: он отозвал египетскую армию из Сирии и стал всемерно покровительствовать жречеству (строительство храмов во всех частях страны, богатые подарки и жертвоприношения). При нем произошло военное ослабление Египта, что облегчило персидскую агрессию. Поход персов в 350 до н.э. сорвался не из-за сопротивления египтян, а из-за неумелых действий проводников во время перехода армии через пустыню и из-за разлива Нила. В 345 до н.э. Нехтгорхеб послал войска на помощь отложившемуся от персов Сидону, но наемники перешли на сторону противника. Зимой 343/342 до н.э. персидский царь Артаксеркс III вторгся в Египет. Фараон сосредоточил под Пелусием значительные силы (шестьдесят тысяч египтян и сорок тысяч ливийских и греческих наемников), однако персидский флот сумел прорваться в Дельту и оказался в тылу у Нехтгорхеба; фараону пришлось отступить к Мемфису. В армии обострились распри между египетскими воинами и наемниками; греки стали переходить на сторону персов и сдавать им важнейшие крепости. В этой ситуации Нехтгорхеб, не дав ни одного сражения, бежал на юг; к концу 342 до н.э. Артаксеркс III овладел Нижним и частью Верхнего Египта; фараон удержал только несколько южных областей.
Второй период персидского владычества (342–332 до н.э.). Реставрация персидского господства в Египте сопровождалась жестокими репрессиями по отношению к местному населению: персы разрушили ряд городов, конфисковали значительную часть храмовых сокровищ, надругались над религиозными святынями. После смерти Нехтгорхеба в 341 до н.э. они подчинили южную часть Египта, однако их власть оказалась очень непрочной. Уже ок. 337 до н.э. некий Хаббаш поднял мятеж, захватил Мемфис, изгнал персов и принял титул фараона. Хотя в 335 до н.э. новый персидский царь Дарий III восстановил власть над Египтом, через три года персидское владычество окончательно рухнуло, как только новый завоеватель – Александр Македонский – подошел к берегам Нила. С конца 332 до н.э. Египет стал частью мировой Македонской державы. Начался эллинистический период его истории.